Parecen pues claras las raíces árabes de la localidad. Fue conquistada por Alfonso I el conquistador en 1118.
Albeta era un núcleo rural, con población agrícola; fue barrio de Borja hasta el S.XIX por lo que su historia irá ligada a la de esta ciudad, de la que dependerá jurídicamente, aunque será propiedad de los distintos señores feudales.
En 1212, el rey Pedro III concede el lugar de Albeta hasta entonces de dominio real, a su primer señor feudal García Navarro.
Los habitantes de la localidad eran musulmanes, y como toda la población islámica se convirtieron al cristianismo cuando en 1526, el rey Carlos I conmino a la población musulmana a convertirse o a exiliarse del reino. Pero esta conversión fue ficticia. Cuando en 1610 fueron expulsados todos los musulmanes de España, Albeta quedo totalmente despoblada, aunque fue repoblada con cristianos rápidamente pues en 1614 ya se dispone de registros parroquiales de bautismos, matrimonios y defunciones.